오수아는 갑작스럽게 끊긴 정해성의 전화를 추적해 그를 찾아내고, 부상을 입은 해성을 집으로 데려와 치료한다. 덕분에 해성은 빠르게 회복하고, 수아는 그를 함정에 빠뜨리고 아버지와 김국장을 죽인 배후가 서명주임을 알게 된다.
한편, 국내 4팀은 경찰의 눈을 피해 위장을 하고 가까스로 해성과 접선한다. 박미정은 서명주를 잡기 위해 녹취 파일을 두 개로 나누어 준비하지만, 경찰이 들이닥쳐 해성과 수아는 3층에서 뛰어내려 탈출하고, 국내 4팀은 체포된다.
해성은 경찰의 추적을 따돌리기 위해 수아에게 학교로 돌아가 학생들을 보호해달라고 부탁하고, 자신은 경찰을 유인한다. 동시에 그는 공팀장에게 서명주의 범죄 증거가 담긴 USB를 집에서 가져와 달라고 부탁한다. 진실이면 증거가 되고, 거짓이면 공팀장의 실적이 될 거라는 제안에 공팀장은 USB를 해성에게 건네고 더 이상 도울 수 없다고 선을 긋는다.
해성은 증거를 들고 자수하기로 결심하고, 한편 수아는 등록금 50% 인상 철회 요구 대자보를 붙이며 학생들을 위한 행동에 나선다. 하지만 학교 측은 이를 철회하는 조건으로 수아에게 사퇴를 종용하고, 수아는 기꺼이 사직을 받아들인다.
해성은 녹취 파일 덕분에 살해 누명을 벗지만, 경찰은 추가 조사를 이유로 그를 붙잡으려 한다. 해성은 서명주와 경찰이 결탁한 사실을 지적하며 유유히 경찰서를 빠져나온다.
서명주는 교육 개혁 철회 발표를 하면서도 권력을 포기하지 않으려 하지만, 학생들은 오수아의 사퇴에 항의하며 대규모 시위를 벌인다. 이를 본 서명주는 학생들에게 휘발유를 뿌리며 “시끄러운 벌레들과 함께 공평하게 다 같이 죽자”며 불을 붙이려 한다.
그 순간, 해성이 병문고에 도착해 서명주를 막아서고, 그녀가 소중한 것을 스스로 파괴하고 있음을 지적하며 설득한다. 마침내 예나가 학교로 돌아와 어머니에게 멈추라고 애원하고, 해성도 지금이라도 멈추면 모든 것을 되돌릴 수 있다고 말한다.
그러나 서명주는 “돌아간다고? 어디로? 언제로?”라며 절망하고, 총구를 자신의 머리에 겨눈다. 다행히 수아가 이를 막아내고, 해성은 떨어지는 라이터를 붙잡아 참사를 막는다. 결국 서명주는 체포되고, 긴장이 풀린 해성은 사고 후유증으로 쓰러진다.
시간이 흘러, 해성은 깨어나 박재문과 서명주가 재판에 넘겨졌다는 소식을 듣는다. 박재문은 처음엔 이사장의 지시를 부인하지만, 결국 법정에서 모든 진실을 폭로하고, 이에 분노한 서명주는 그를 배신자라며 몰아세운다. 박재문의 증언으로 서명주는 무기징역을 선고받는다.
예나는 어머니의 재판을 지켜본 후 학교를 자퇴하고, 스스로의 힘으로 새로운 인생을 살아가기로 결심한다. 해성은 퇴학당했지만, 마지막으로 학생들에게 작별 인사를 건넨다. 무심한 듯 보이던 학생들은 창문에서 종이비행기를 날리며 그에게 고마움을 전한다.
한편, 해성은 아버지가 남긴 <길쓸별>이라는 글귀를 떠올리고, 책장을 정리하던 중 바닥에 붙어 있던 별 스티커 아래에서 아버지가 숨겨놓은 고종황제의 금괴를 발견한다. 이는 해성이 반드시 임무를 완수하길 바랐던 아버지의 마지막 메시지였다.
5년 후, 수아는 교사로 임용되고, 동민은 웹소설 <언더커버 하이스쿨>을 집필하며 작가의 길을 걷는다. 유정은 국정원에 지원하고, 예나는 그림을 그리며 자신의 꿈을 향해 나아간다.
안팀장은 국장으로 승진하고, 박미정과 영훈은 서로의 마음을 확인하며 새로운 가족을 꾸린다. 해성과 수아는 연인이 되어 행복한 미래를 약속하며, 해성은 다시 새로운 임무를 맡는다.
그가 향한 곳은 바로 학교. 담임 선생님으로 부임한 해성은 학생들의 환호 속에서 다시 한번 새로운 시작을 맞이한다.
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