드라마 나의 완벽한 비서 12회에서는 강지윤(한지민)이 피플즈의 대표 자리에서 물러나면서 시작됩니다. 그녀는 커리어웨이와의 인수 합병을 통해 피플즈가 계속 운영될 수 있도록 하고, 직원들의 고용 승계가 그대로 이루어질 것이라고 약속합니다. 강지윤은 직원들을 지키고 싶다는 마음을 담아 그들에게 걱정하지 말고 피플즈를 지켜달라고 부탁합니다.
정훈(김도훈)은 아버지의 결정에 대해 질문하며, 강지윤을 설득하기 위해 다시 생각해보라고 합니다. 이때 은호(이준혁)는 직원들에게 강지윤의 결정을 이해해 주기를 부탁하며, 그녀의 입장에서 최선의 방법이라고 설명합니다. 정훈은 아버지에게 졌다고 인정하고, 아버지 회사에 들어가겠다고 결심하지만, 대신 강지윤에게서 피플즈를 빼앗지 말아 달라고 애원합니다.
강지윤은 정훈에게 자신의 결정이었고 괜찮다고 하며, 그가 스스로 답을 찾을 때까지 싸움을 끝내지 말라고 당부합니다. 그러면서 강지윤은 김혜진(박보경)이 피플즈를 인수받고 자신과 피플즈의 이름이 업계에서 사라지는 모습을 지켜보라고 경고합니다. 김혜진은 승리감에 취해 피플즈의 간판부터 바꾸자고 하며, 직원들이 사직서를 내자 분노합니다.
이코닉바이오의 대표 박영민이 경찰에 자수하면서 그와 연루된 김혜진도 조사를 받게 됩니다. 김혜진은 강지윤이 경찰 조사에서 참고인으로 출석한 사실을 알고 분노하며, 지윤에게 원망을 드러냅니다. 그러나 강지윤은 여전히 김혜진을 불쌍하게 여기며, 그녀가 죗값을 받고 평생 사죄하며 살기를 바란다고 말합니다.
강지윤은 한동안 백수가 되어 늦잠을 자고, 은호와 함께 알콩달콩한 시간을 보냅니다. 두 사람은 영화도 보고 맛집에서 데이트를 즐기며, 비를 피하기 위해 처마 아래 서 있는 모습에서 서로의 감정이 더욱 깊어짐을 느낍니다. 은호는 빗소리를 좋아한다고 말하고, 지윤에게 어떤 날씨를 좋아하는지 물으며 서로에 대해 알아가려 합니다.
한편, 성경(송지인)은 남편의 납골당에서 우철용(조승연)을 만나고, 당시 아버님이 미워서 성훈씨도 미웠다는 이야기를 합니다. 정훈은 아버지에게 괜찮다는 한마디를 하지 못한 것에 후회하며, 너는 살고 싶은 대로 살라고 허락합니다.
강지윤은 은호에게 해고 통보를 하며, 그에게 세림 그룹 본사 인사팀 팀장 자리 제안을 합니다. 강지윤은 그동안 은호에게 넘치게 받았으니, 이제는 그가 자신의 선택을 할 때가 되었다고 말합니다. 이직을 축하하며 별이와 함께 축하 이벤트를 준비한 강지윤은, 새롭게 시작한 회사로 이직할 피플즈 1팀원들에게 새로운 회사 이름을 지어주기로 합니다. 별이는 'WE'라는 이름을 제안하고, 강지윤은 그 이름을 'WE Company'로 정합니다.
정훈은 아버지 회사에 들어가 수현(김윤혜)과 썸을 타고 있으며, 길거리 사주에서 썸을 타다가 떡밥을 잡아 수현에게 고백합니다. "좋아하는 사이해요. 오늘부터"라는 말로 두 사람의 관계가 발전합니다.
1년 후, 별이는 초등학생이 되고 강지윤은 WE 컴퍼니에서 팀원들과 자리 잡아가는 모습이 그려집니다. 은호는 세림의 인사팀 팀장으로 일하며, 후보자 선정에 신중한 모습을 보이고 강지윤과 공과 사를 철저히 구분합니다. 강석(이재우)은 아이를 기다리는 미애(이상희)에게 늦게 결심한 것에 대해 사과하며 노력하겠다고 말합니다.
드라마는 모든 인물들이 각자의 자리에서 새로운 시작을 하며 해피엔딩으로 마무리됩니다. 강지윤과 은호, 정훈과 수현은 각자의 행복을 찾고, 피플즈의 직원들도 새롭게 시작한 WE Company에서 함께 일하며 미래를 향해 나아갑니다. 이처럼 "나의 완벽한 비서"는 서로를 지키고, 사랑하며 성장하는 인물들의 이야기를 통해 따뜻한 결말을 선사합니다.
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